Storia e Attività del Laboratorio CINI Infolife
Il laboratorio CINI InfoLife è stato istituito nel 2015 sotto la guida del Prof. Enrico Nardelli con l'intento di fornire un sostegno strategico allo sviluppo delle metodologie informatiche nel campo delle Scienze della Vita. L'obiettivo è promuovere l'integrazione tra lo sviluppo di metodologie computazionali e la loro applicazione in domini biologici e/o clinici, facilitando la collaborazione tra ricercatori informatici, biologi e medici. Questo approccio collaborativo mira a migliorare la comprensione dei sistemi biologici e a sviluppare soluzioni informatiche innovative per affrontare problemi biologici e clinici complessi. Nonostante l'Informatica abbia contribuito significativamente alla rivoluzione post-genomica definendo metodologie computazionali per la gestione e analisi dei dati, i meccanismi alla base dei sistemi biologici sono ancora poco chiari. Mettere a fuoco con precisione tali meccanismi informazionali costituisce una delle sfide più impegnative che la bioinformatica affronta oggi.
Da quando è stato istituito, il laboratorio ha visto un costante aumento del numero di affiliati, che attualmente supera i 300 membri distribuiti su 38 nodi in tutto il territorio nazionale.
Le attività del laboratorio si concentrano su due dimensioni principali: quella metodologica e quella applicativa.
La dimensione metodologica comprende diverse categorie: (i) Formalismi e simulazione computazionale; (ii) Metodi algoritmici, combinatori, statistici e analitici; (iii) Computational Intelligence, Data Mining, Machine Learning, Network Analysis, e Deep Learning; (iv) Sistemi complessi e proprietà emergenti; (v) Infrastrutture, Strumenti, Architetture e Servizi per la Bioinformatica per garantire analisi riproducibili assicurando che ogni artefatto (modelli, codice, configurazioni e dati) sia rintracciabile, accessibile, interoperabile e riusabile secondo i principi FAIR dell'Open Science, e che ogni decisione presa a valle di una predizione o di un’analisi sia il più possibile equa e libera da pregiudizi (fairness delle analisi/predizioni).
La dimensione applicativa comprende le seguenti categorie: (i) Gestione, analisi ed integrazione di dati pan-omici (cioè genoma, trascrittoma, epigenoma, proteoma, metaboloma e microbioma) e dati clinici; (ii) Studio dei sistemi biologici a diversi livelli (molecolare, cellulare, tissutale, organico, individuale, di popolazione, ecosistemico) mediante metodi e modelli computazionali; (iii) Epidemiologia computazionale; (iv) Gestione e analisi di Risorse Microbiche nei settori della Salute, dell'Agroalimentare e Zootecnia, dell'Ambiente e dell'Energia.
A livello internazionale, il Laboratorio contribuisce, attraverso i suoi membri, all'organizzazione di workshop e scuole e alla creazione di sezioni speciali in diverse conferenze di rilievo nel campo della bioinformatica e delle scienze della vita. Queste iniziative offrono opportunità preziose per la condivisione delle ultime ricerche e lo sviluppo di collaborazioni internazionali. Inoltre, il laboratorio sponsorizza attivamente la partecipazione dei suoi membri a conferenze di prestigio, contribuendo così a promuovere la visibilità della ricerca svolta e a facilitare lo scambio di conoscenze e idee con la comunità scientifica globale. Oltre a ciò, organizza corsi specialisticiche forniscono aggiornamenti sulle nuove tecnologie e metodologie nel campo della bioinformatica, consentendo ai partecipanti di ampliare le proprie competenze e rimanere al passo con gli sviluppi più recenti.
Tre principali gruppi tematici sono stati recentemente attivati all’interno del laboratorio:
- Young - InfoLife working group - si occupa di fornire una piattaforma per studenti, dottorandi e giovani ricercatori nel campo della'bioinformatica, che sono interessati e coinvolti nei temi trattati dal laboratorio nazionale InfoLife. Gestito da giovani (bio)informatici, Young-InfoLife promuove il networking e la formazione dei suoi membri attraverso iniziative quali l'organizzazione di eventi e conferenze, la conduzione di corsi e seminari, la pubblicazione di opportunità come tesi, progetti e posizioni lavorative, nonché la diffusione di contenuti scientifici tramite un canale YouTube dedicato.
- Performance working group - il cui scopo è creare un collaborazione con il CINI System and Service Quality Working Group per lavorare in sinergia su tematiche di performance legate ad aspetti di bioinformatica.
- Bioinformatics Bachelor's and PhD degrees working grou - creato per collaborare con il gruppo Training and T eaching della Società Italiana di Bioinformatica (BITS) e il Laboratorio Nazionale CINI “Informatica e Scuola” su questioni riguardanti la didattica, specialmente a livello accademico, riguardanti la Bioinformatica.